En el barrio de San Miguel de Estella-Lizarra, en la margen izquierda del río Ega, donde en la Edad Media convivieron francos y navarros, se levanta la iglesia de San Miguel, un templo tan sencillo como bello, que alberga en su interior valiosos tesoros artísticos. San Miguel, ubicada en la cima de un escarpe rocoso conocido como "La Mota", comenzó a construirse a finales del siglo XII, pero las obras se dilataron en el tiempo, lo que le permitirá diferenciar en el edificio varios estilos.

Su portada septentrional, uno de los conjuntos escultóricos más representativos del románico tardío, y el retablo gótico de Santa Elena que guarda el templo en su interior, merecen especial atención.

De aspecto sólido, esta iglesia restaurada entre los años 1987 y 1992, es una buena carta de presentación del barrio de San Miguel, barrio surgido en Estella-Lizarra en la segunda mitad del siglo XII.

El aspecto exterior del edificio es grandioso; ofrece volúmenes contrapuestos, como los de la torre barroca situada en la cabecera y la mole pétrea de la torre medieval ubicada a los pies de la nave.

Pero su joya artística es la portada Norte representativa del tardo-románico hispano, a la que se accede tras superar una larga escalinata. En su tímpano reconocerá al Cristo en Majestad, rodeado por los símbolos de los cuatro evangelistas, la Virgen y San Juan como intercesores en el momento del Juicio.

En las ménsulas podrá distinguir a un león tragando a una persona, y a otro, enfrentado, devolviéndola. En las arquivoltas, del interior al exterior, es decir, desde Dios hacia el mundo, encontramos ángeles, ancianos músicos del Apocalipsis, profetas, santos y diversas representaciones del mal. En el relieve de la izquierda se aprecia la lucha de San Miguel contra el dragón y en el de la derecha una hermosa talla de las tres Marías frente al sepulcro vacío de Cristo. Varias inscripciones en latín explican el significado de las escenas a los fieles.

Al interior del templo no se puede acceder por la puerta Sur, del siglo XIII, cuyas arquivoltas se apoyan en capiteles decorados con vegetales y algunas pequeñas cabezas.

La cabecera, compuesta por tres ábsides románicos del siglo XII, presenta en su ábside central tres ventanas de arcos apuntados, capiteles historiados y estilizadas columnas.

Algunos tesoros artísticos que encontramos en el interior del templo son el retablo de Santa Elena (1406), importante pieza del gótico aragonés en el que aparece la santa descubriendo la cruz en la que murió Jesús, o el retablo mayor, del siglo XVIII, con una imagen gótico-flamenca de San Miguel. Además se pueden contemplar la Virgen de Belén, del siglo XIV, el sepulcro de los Eguía, y el retablo de San Crispín y San Crispiniano.

Fuera del templo, en el solar del antiguo cementerio, se encuentra la capilla de San Jorge, situada a unos metros de la cabecera y unida a ella mediante un arco apuntado. Gótica del siglo XIV, tiene planta trapezoidal y aspecto de torre militar. Conserva una representación en madera de San Jorge a caballo luchando con el dragón alado, de estilo gótico flamenco.