La creación de un museo etnográfico de Navarra es un proyecto de larga trayectoria, que comenzó a gestarse en la década de los años 60 del siglo XX, cuando la Diputación Foral empezó el acopio de objetos de interés etnográfico, gracias al impulso director de Julio Caro Baroja, constituyendo una primera colección de aperos agrícolas procedentes de los caseríos del Bidasoa.
Durante los años 70 y 80, fue haciéndose con algunas piezas singulares, como la carpintería de tracción animal de Azuelo y otros talleres artesanales, localizados gracias a la labor entusiasta de Francisco Javier Beúnza Arboniés y otros colaboradores. Por entonces, se barajaba la idea de ubicar el Museo Etnológico en el palacio del Príncipe de Viana, en Sangüesa.
El museo es actualmente un centro cerrado al público. Las colecciones y el centro de documentación están ubicados en un almacén en Estella, mientras se desarrolla el proyecto de apertura en una sede definitiva. Estas instalaciones pueden visitarse en determinadas fechas del año y el acceso a la biblioteca es público.